Análise Microbiota Illumina - Fungos ITS2

Microbiota Illumina, Fungos (ITS2, 380 pb): extração de DNA, preparo de biblioteca de amplicons para fungo (região ITS2, ~ 380 pb, primers ITS3-2024F [5´- GCA TCG ATG AAG AAC GCA GC-3´] e ITS4-2409R [5´-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3´]), sequenciamento em plataforma Illumina (PE 250, 50 a 100 mil reads de dados brutos por amostra).

Bioinformática: Trimagem dos dados, controle de qualidade, identificação de Amplicon Sequence Variants (ASVs), correção de erros de sequenciamento e remoção de quimeras, atribuição taxonômica, análise de diversidade alfa e beta (caso existam grupos).

Entregáveis: Dados brutos em formato fastq, arquivos fastq gerados pelo Cutadapt após a remoção de primers, artefatos e metadados gerados pela pipeline do DADA2 após etapas de filtragem, artefatos, arquivos de visualização e tabelas geradas pelo QIIME2 nas etapas de diversidade, análise filogenética e taxonomia, relatórios de qualidade gerados pelo MultiQC a partir dos resultados do FastQC, relatório em PDF com os principais resultados.

Prazo de entrega microbiota Illumina: Até 60 dias úteis a partir do recebimento das amostras na empresa e confirmação dos dados do cliente.

Para amostras brutas (microbiota e identificação): 2-10 gramas de amostra sólida/semi sólida ou 5-10 mL de amostra líquida, em recipiente individualizado e estéril (ex: eppendorf ou tubo falcon), com identificação da amostra. Enviar as amostras em gelo seco/reciclável. Não recebemos amostras em placas de petri.

Para amostras de DNA já extraídas: Mínimo 500 ng de DNA extraído em um volume mínimo de 50uL. Enviar em microtubos tipo eppendorf de 1.5mL devidamente identificados, em gelo seco/reciclável. Não concentrar as amostras. Recomendamos os kits de extração ZymoBIOMICS Mini Prep (ref: D4300) ou DNeasy PowerSoil Pro QIAGEN (ref: 47016).

Endereço para envio: 

ByMyCell Inova Simples Ltda. CNPJ 40.439.752/0001-78. 

Rua Martinico Prado, 555, Piso Térreo. Bairro Vila Tibério. 

Ribeirão Preto - SP, 14050-050. 

Aos cuidados de Dra. Tânia Petta.

Enviar código de rastreio ou previsão do envio das amostras. Observação: Não serão aceitas e nem processadas amostras em não conformidade com as normas estabelecidas e discriminadas em Material Requerido. Nestes casos, será solicitado um novo envio de amostras ao cliente. Amostras em não conformidade serão descartadas ou devolvidas ao cliente mediante pagamento de custos relacionados a devolução (empacotamento, transporte, entrega). Os custos com o envio das amostras são de responsabilidade do cliente e não estão inclusos neste preço.

Proteção dos Dados: as Partes declaram que seguem os ditames da Lei 13.709 de 2018 (Lei Geral de Proteção de Dados), assegurando que empregarão os meios adequados ao tratamento de dados pessoais, tanto no meio digital como no meio físico, com as finalidades para os quais tenham sido coletados.

Armazenamento de dados e amostras: as amostras brutas, dados gerados e registros serão mantidos na ByMyCell por 3 meses. Após este período, serão descartados, salvo se houver solicitação de devolução amostral por parte do cliente no momento da contratação do serviço e os custos arcados pelo mesmo.