Metagenômica Shotgun 20Gb + Extração de DNA

Sequenciamento metagenômica shotgun, Illumina Novaseq6000 (PE 150, aproximadamente 20Gb de dados brutos): extração de DNA, preparo de biblioteca e sequenciamento em plataforma Illumina Novaseq6000 (PE 150, 20Gb). Bioinformática: Controle de qualidade das reads (Fastp), remoção de contaminação humana (Bowtie2), montagem de novo (MEGAHIT), binning (MaxBin2, MetaBAT2 e CONCOCT), geração de MAGs (DAS Tool), avaliação de completude (BUSCO), classificação taxonômica (GTDB-Tk ou alinhamento), anotação de fragmentos (Prokka e MetaEuk), anotação funcional (EggNOG), identificação de genes de resistência e virulência (ABRicate), identificação de metabólitos secundários (antiSMASH), detecção de toxinas Bt e análise de diversidade de espécies (Kraken2 e MetaPhlAn). Entregáveis: Dados brutos em formato FASTQ. Fragmentos montados em formato FASTA (contigs e scaffolds) e anotações em múltiplos formatos (como GFF, FAA e FNA). Resultados processados das ferramentas utilizadas em seus formatos nativos. Tabela com genes de interesse identificados. Relatório técnico em PDF.

Prazo de entrega genoma Illumina: Até 60 dias úteis a partir do recebimento das amostras na empresa e confirmação dos dados do cliente.

Para amostras brutas (metagenoma): 2-10 gramas de amostra sólida/semi sólida ou 5-10 mL de amostra líquida, em recipiente individualizado e estéril (ex: eppendorf ou tubo falcon), com identificação da amostra. Enviar as amostras em gelo seco/reciclável. Não recebemos amostras em placas de petri.

Endereço para envio: 

ByMyCell Inova Simples Ltda. CNPJ 40.439.752/0001-78. 

Rua Martinico Prado, 555, Piso Térreo. Bairro Vila Tibério. 

Ribeirão Preto - SP, 14050-050. 

Aos cuidados de Dra. Tânia Petta.

Enviar código de rastreio ou previsão do envio das amostras. Observação: Não serão aceitas e nem processadas amostras em não conformidade com as normas estabelecidas e discriminadas em Material Requerido. Nestes casos, será solicitado um novo envio de amostras ao cliente. Amostras em não conformidade serão descartadas ou devolvidas ao cliente mediante pagamento de custos relacionados a devolução (empacotamento, transporte, entrega). Os custos com o envio das amostras são de responsabilidade do cliente e não estão inclusos neste preço.

Proteção dos Dados: as Partes declaram que seguem os ditames da Lei 13.709 de 2018 (Lei Geral de Proteção de Dados), assegurando que empregarão os meios adequados ao tratamento de dados pessoais, tanto no meio digital como no meio físico, com as finalidades para os quais tenham sido coletados.

Armazenamento de dados e amostras: as amostras brutas, dados gerados e registros serão mantidos na ByMyCell por 3 meses. Após este período, serão descartados, salvo se houver solicitação de devolução amostral por parte do cliente no momento da contratação do serviço e os custos arcados pelo mesmo.